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Data Scientist pour l'imagerie en Neuroscience F/H

Employeur

Et si vous rejoigniez une structure en pleine mutation vers l’université de demain ?

Au premier rang des universités françaises et francophones, Aix-Marseille Université (AMU) regroupe 78 000 étudiants, 8 000 personnels,
122 structures de recherche en lien avec les plus grands organismes dans ce domaine et un budget de 720 M€.
5 grands campus accueillent les étudiants et tous les champs universitaires qu’il est possible d’étudier en France.

La diversité des sites permet de proposer aujourd’hui des opportunités de carrière uniques.

Aix-Marseille Université fait partie de l'alliance CIVIS pour la création des "Universités Européennes".

Aix-Marseille Université recrute et reconnait tous les talents, ses offres d'emplois sont handi-accessibles.

Mission

CIRCUITPHOTONICS est une nouvelle plateforme de microscopie in vivo mini-invasive dédiée à l’exploration fonctionnelle intracérébrale grâce à plusieurs modalités de microscopie à la pointe de l’état de l’art (3-photons, scan ultra-rapide par déflecteurs acousto-optiques (AOD) en 2 et 3D, 2-photon multicanaux de détection et à très large champs, imagerie photoacoustique, endoscopie 2-photon…). Cette plateforme est répartie sur deux laboratoires : l’institut de neurobiologie de la Méditerranée (INMED) et l’institut de neurosciences de la Timone (INT).

CIRCUITPHOTONICS recherche un.e ingénieur.e de recherche très motivé.e sur un profil de data scientist, avec pour responsabilités la gestion, le traitement et l'analyse de données d'imagerie de microscopie fonctionnelle pour les neurosciences. Il sera aussi impliqué dans le développement et la mise en oeuvre du plan de gestion des données de la plateforme.

Missions et activités principales

Les tâches du data scientist incluent, mais ne sont pas limitées à :

  • Fournir des conseils et un soutien aux chercheur.e.s en matière de traitement du signal et d'exploration de données (analyse et intégration de grandes quantités de données, apprentissage non supervisé/supervisé, réduction de dimension, statistiques, techniques d'apprentissage profond (« deep learning », etc.)

  • Aider au transfert de connaissances entre les équipes du projet CIRCUITPHOTONICS.

  • Avoir une compréhension théorique des algorithmes utilisés pour l'analyse des données; effectuer une recherche documentaire indépendante pour se tenir au courant des méthodes et technologies appropriées. Transférer ces savoir-faire aux équipes scientifiques.

  • Organiser et conduire des cours sur l'analyse des données images pour les utilisateurs de CircuitPhotonics : Ingénieur.e.s, doctorant.e.s, postdocs, chercheur.e.s

  • Accompagner les utilisateurs sur l’utilisation de clusters de calcul mutualisés

  • Piloter la stratégie de gestion et partage de données issues de la plateforme dans le cadre du développement de la Science Ouverte

  • Gérer et maintenir l'infrastructure de partage de logiciels et de transfert de code au sein de la plateforme.

Votre expertise contribuera à façonner la plate-forme de partage et d'analyse des données et vous pourrez approfondir et partager vos connaissances au sein de la communauté CIRCUITPHOTONICS .

Profil

Vous êtes titulaire d'un diplôme d'ingénieur ou d'un doctorat en science des données, en informatique ou en physique / ingénierie / physique appliquée, avec un fort intérêt et une expérience dans les développements informatiques ainsi qu'une connaissance du traitement et de l'analyse des images, de la modélisation et de l'analyse des données statistiques (y compris les données multimodales), du filtrage des signaux, de la théorie et de la pratique de l'apprentissage automatique.

Vous disposez d'une solide expérience (au moins 3 ans) dans le soutien à la recherche ou la recherche en analyse de données biologiques.Une expérience au sein d’une plateforme de services et/ou une expérience d'enseignement serait un atout.

Une expérience dans l'ingénierie et le développement de logiciels open source, ainsi que dans l'analyse de données et les stratégies de partage de données est bénéfique. Idéalement, le candidat sera familiarisé avec les langages de programmation courants, notamment Python, MatLab, Java, JavaScript, C/C++, et maîtrisera un logiciel d'analyse statistique, tel que R ou similaires.

Vous aurez de fortes capacités de travail en équipe et serez capable d'interagir avec des chercheur.e.s de nombreux domaines, notamment la biologie, la physique, les mathématiques et l'informatique. CIRCUITPHOTONICS recherche une personne ouverte d'esprit, dotée de solides compétences en matière de communication et capable de travailler de manière autonome.

Environnement et contexte de travail

Le/la candidat.e retenu.e sera affecté.e à la plateforme CIRCUITPHOTONICS et partagera son temps de travail entre les deux laboratoires INT et INMED. Il/elle fera partie du groupe multidisciplinaire d'ingénieurs (physique/optique, biologie...) et travaillera en étroite collaboration avec le département de neuro-informatique de l'INT sous la supervision de Rosa Cossart, responsable du projet. La langue de travail est le français, mais la maîtrise de l’anglais est nécessaire.

CIRCUITPHOTONICS propose un contrat de deux ans à Aix-Marseille Université (renouvelable un an). La rémunération sera basée sur la grille des salaires d'Aix-Marseille Université, avec un salaire mensuel brut compris entre 1 870 € et 3 500 € (selon le profil et l'expérience).

Les candidatures doivent comprendre :

- Un CV, comprenant une liste de publications
- Une lettre de motivation, décrivant l'expérience passée
- Deux lettres de recommandation.

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