Ingénieur / Ingénieure de Données en Instrumentation Scientifique F/H

Et si vous rejoigniez une structure en pleine mutation vers l’université de demain ?

Au premier rang des universités françaises et francophones, Aix-Marseille Université (AMU) regroupe 78 000 étudiants, 8 000 personnels, 122 structures de recherche en lien avec les plus grands organismes dans ce domaine et un budget de 720 M€.
5 grands campus accueillent les étudiants et tous les champs universitaires qu’il est possible d’étudier en France.

La diversité des sites permet de proposer aujourd’hui des opportunités de carrière uniques.
Aix-Marseille Université fait partie de l'alliance CIVIS pour la création des "Universités Européennes".
Aix-Marseille Université recrute et reconnait tous les talents, ses offres d'emplois sont handi-accessibles.

AMU en vidéo : https://youtu.be/7-Hrtn-l2Qk

Le projet CISAM+ (France 2030) amplifie la stratégie d'innovation de l'Établissement face aux défis sociaux, environnementaux et sanitaires. Il vise à construire un écosystème intégré renforçant l'impact de la recherche et facilitant le passage de "l'invention" à "l'innovation", ciblant prioritairement 3 thématiques : Technologies pour la Santé, Industries Culturelles et Créatives, et Responsabilité Sociétale/Développement durable. 

Le Centre de formation et de soutien aux Données de la REcherche (CEDRE) est une structure transverse d’Aix-Marseille Université, dédiée à l’accompagnement des chercheurs et des personnels dans la gestion et la valorisation des données de recherche.

La personne recrutée au pour missions principales :

• Concevoir, entraîner et valider des modèles d'IA (deep learning, modèles hybrides) pour classifier, prédire et identifier des motifs inédits dans des données scientifiques complexes.

• Développer des pipelines de prétraitement robustes et reproductibles pour nettoyer, formater et structurer de grands volumes de données issues de l'imagerie et du séquençage.

• Rendre les modèles interprétables (XAI) et croiser les résultats prédictifs avec les connaissances du domaine pour guider la recherche expérimentale.

• Documenter rigoureusement les méthodes, les données et les codes pour assurer la reproductibilité des analyses et faciliter leur transfert aux équipes de recherche.

Activités principales :

Prétraitement et structuration des données :

• Nettoyer, formater et structurer les données issues de séquençage et d’imagerie électronique.

• Développer des pipelines adaptés aux grands volumes de données biologiques et d’imagerie.

Modélisation et apprentissage automatique :

• Concevoir et entraîner des modèles hybrides (deep learning + règles bioinformatiques ou physiques).

• Appliquer des algorithmes de classification, détection d’anomalies et de clustering.

Analyse et Découverte :

• Identifier des modifications inédites dans les ADN/ARN viraux et prédire de nouvelles protéines.

• Développer des outils d’analyse automatique de clichés de microscopie électronique à balayage (MEB).

Exploration et interprétation des résultats :

• Visualiser et expliquer les sorties des modèles (XAI, SHAP, etc.).

• Croiser les résultats biologiques, structuraux et prédictifs pour guider les hypothèses scientifiques.

Conditions d’exercice :

Temps de travail réparti entre le campus de St Jerome (CEDRE) et ses laboratoires/instituts d’intervention, au sein des autres campus où les projets ont été identifiés.

Positionnement hiérarchique :

Sous l’autorité hiérarchique du responsable de l’équipe CEDRE et fonctionnelle du Chargé d’affaires de la thématique dédiée de la CISAM.

Vous êtes titulaire d’un diplôme en informatique, mathématiques ou IA , avec 1 à 5 ans d’expérience. Vous maîtrisez l’anglais (B2), vous disposez de solides compétences en rédaction (français/anglais), gestion de projet et démarche qualité.

Votre sens du dialogue avec des interlocuteurs variés (chercheurs, ingénieurs...), votre esprit d’équipe, ainsi que votre dynamisme sont reconnus. Une appétence pour le développement durable sera un atout.

Compétences métiers :

• Programmation : Python avancé exigé pour le traitement de données et l'automatisation de tâches. La programmation objet est requise pour créer des outils robustes.

• Compétences solides en conception et optimisation de pipelines de traitement de données volumineuses (ETL). Maîtrise d'un gestionnaire de workflows (Snakemake, Nextflow) indispensable.

• Connaissance approfondie des bonnes pratiques de développement, incluant le versioning (Git), les tests et l'intégration continue.

• Des compétences en déploiement sur serveur ou cloud et en conteneurisation (Docker) seraient un atout majeur.

• Une première expérience avec des données scientifiques (spectrométrie de masse, chromatographie) et des outils spécialisés du domaine.

Un processus de recrutement fluide et transparent :

À réception de votre candidature, deux étapes : un échange téléphonique personnalisé avec les candidats sélectionnés (avec soin par un humain, et non par une IA), et un entretien avec les responsables de notre structure.
En cas de réussite, nous mettrons tout en œuvre pour confirmer votre recrutement rapidement. À votre arrivée, vous bénéficiez d'un parcours d'accueil et d'intégration, ainsi que de formations adaptées à vos besoins pour favoriser votre développement professionnel.

Rejoindre AMU, c’est bénéficier d’un environnement de travail socialement engagé :

- Selon le cadre de la structure, une flexibilité dans l’organisation de la semaine de travail est possible : deux dispositifs ouverts dès 2 mois d’ancienneté en accord avec le manager : Le télétravail et la semaine en 4j ou 4,5j

- Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an (varie selon l’organisation choisie et le temps de travail)

- Une prime mensuelle et annuelle dès 12 mois d’ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires

- Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap

- La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable

- La possibilité d’une place de parking ou d’un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail

- Un accès à des prestations dans différents domaines : loisir, sport, culture et social